以科学发展观为指导，围绕国家发展战略和生态保护监管的重大需求，以生态环境优化社会经济发展为出发点，充分依托现有工作基础，以遥感调查为主，充分结合地面调查工作，开展全国及重点区域的生态环境十年（2000-2010年）调查与评估，以及自然保护区、重要生态功能区和生物多样性优先保护区等国家重点监管对象的生态本底状况，保障国家生态安全，探索国家生态保护工作新道路，为国家生态保护工作新发展提供战略咨询，从而推进生态保护工作的历史性转变。具体目标和任务为：
1、全面掌握全国生态环境现状基础信息，以及自然保护区、重要生态功能区和生物多样性优先保护区等国家重点监管对象的生态本底状况。
2、阐述和评估十年来全国生态系统类型格局、质量、功能等生态环境状况及其变化，编制中国十年生态环境国家报告。
3、 深入分析生态环境变化特征及其胁迫因素，揭示存在的主要生态环境问题，多方思考、提出新时期我国生态环境保护的对策与建议。
4、 形成国家开展宏观生态环境管理所必需技术能力体系、定期开展生态监测评估的制度体系等，推进国家“天地一体化”生态监管体系建设，提高国家生态环境监测能力。
