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Ⅱ-06-01
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准噶尔盆地西缘荒漠－绿洲农业生态亚区
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该亚区位于准噶尔盆地西缘
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Ⅱ-06-02
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准噶尔盆地东部灌木荒漠生态亚区
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该亚区位于该亚区西部为古尔班通古特沙漠，东部与蒙古国交界，南邻巴里坤—伊吾谷地北界，北部为北塔山南麓至中蒙边界
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Ⅱ-06-03
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准噶尔盆地中部固定半固定沙漠生态亚区
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该亚区位于准噶尔盆地腹部的古尔班通古特大沙漠内
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Ⅱ-06-04
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准噶尔盆地南部灌木半灌木荒漠、绿洲农业生态亚区
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该亚区位于准噶尔盆地南部和东南部，天山北麓山前平原区南至天山山麓，北至古尔班通古特大沙漠南部边界，西至乌苏市西边界，东至木垒哈萨克自治县白石头乡
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