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人口膨胀以及农村和城市扩张，使大面积的天然森林、草原、湿地等自然生境遭到破坏，生境破碎化严重，大量野生物种濒临绝灭。例如国家一级保护动物华南虎估计野外仅存数十只，且分散于湖南、江西、广东、福建等省，已难于正常繁殖，如不采取行动，可能将很快灭绝；分布于湖北枝城以下长江中、下游地区的白暨豚，估计目前仅剩100多头，已处于极度濒危的状态。由于人类对自然生境的强烈干扰、切割，使野生动植物生存的岛屿化空间日趋狭小，分布于有限面积的残遗小种群，由于对“遗传漂变”敏感和易发生“近亲交配”等原因，野生物种个体的活力、繁殖力降低，适应外部环境变化的能力减弱，导致了一些特有种的消失，遗传资源随之丧失，如雁荡润楠、喜雨草已灭绝，华南苏铁已无野生植株，海南捕鸟蛛、世界分布最北的江西抚州野生稻等也已濒临灭绝。
西部地区是我国野生物种最丰富的地区之一，不仅种类多，而且特有性高，如脊椎动物中的野牦牛、白唇鹿、藏羚羊、大熊猫、藏野驴、滇金丝猴、黔金丝猴、蓝马鸡，被子植物中的芒苞草、滇桐、等众多物种只分布在西部地区，高度濒危的大熊猫、野骆驼、朱鹮也都集中在西部地区；此外，西南还是全球25个生物多样性热点地区之一，西部地区的生物多样性在全球占有重要地位。由于近年来人类滥采、滥挖、滥捕等不合理的开发利用，以及对栖息地的破坏，导致不少野生物种种群退化，密度降低，有的甚至濒临灭绝。西部地区生物多样性变化最为明显的是四川省和云南省，四川省上世纪50年代森林覆被率30-40%，大片的森林为多种野生动植物提供了良好的生存环境，80年代降至16.9%，大量森林遭到毁灭性砍伐和破坏，许多物种的栖息地受到了严重威胁，90年代虽然覆被率有所上升，但森林质量已远不如从前，并且覆被率也仅恢复到了24.23%；云南省上世纪50年代森林覆被率为50%，90年代则骤降为25%。这两省在森林遭到严重破坏的同时，生物物种分别有5个和22个已经灭绝。上世纪80年代甘肃省共有保护植物30余种，到目前仅被子植物中就有186中处于濒临灭绝的境地，濒危的裸子植物有17种。藏羚羊是我国一级保护动物，是青藏高原动物区系的典型代表，具有重要的生态价值和科研价值。经过漫长的自然演化和发展过程，其种群曾达到稳定状态，数量巨大。但是，从20世纪80年代开始，由于遭到了规模空前的盗猎，其种群数量急剧下降，已经到了灭绝的边缘，种群质量也受到严重影响。
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