1 水资源问题
我国水资源贫乏，且水资源空间分布不均，随着社会经济的发展，水资源需求量增大，供需矛盾日益突出。辽宁、江苏、河南、北京、山东、河北、山西、宁夏、上海和天津十个省（市、区）人均水资源处于1000立方米严重水荒国际线以下，西北部地区和华北地区缺水现象严重。水资源过度开发，导致水生态系统平衡失调，江河断流加剧。同时，地表水水质污染仍较严重，2001年淮河、海河、辽河、长江、黄河、松花江和珠江七大水系449个国控断面中，30.7％断面为IV、V类水质，35.2%的断面为劣V类水质。
我国地下水超采现象普遍。地下水过度开采，导致地下水位下降，出现大范围地下水漏斗，2000年华北地区形成的较大地下水漏斗有20处，总面积4万多平方公里，降落漏斗中心区水位埋深40～75米，最深达93.37米。另一方面，地下水污染呈现由点状向面状演化、由东部向西部蔓延、由城市向农村扩展、由局部向区域扩大的趋势，全国仍有5000多万人在饮用不符合标准的地下水。
2 森林退化
我国森林生态系统呈现数量型增长与质量型下降并存的局面，森林生态系统趋于简单化，幼龄林和中龄林分布面积最多，分别占全部森林总面积的36.83%和34.29%，近熟林和成熟林所占比例基本相当，分别占林地总面积的11.22%和10.99%，过熟林面积全部林地面积的6.68%；林龄结构不合理，生态功能差。有林地单位面积蓄积量从每公顷67.72m³下降到65.67 m³，单位面积下降2.05 m³，降幅达3.12%；林分单位面积活立木蓄积量从每公顷79.18 m³下降到78.06 m³，单位蓄积下降1.12m³，降幅达1.43%。经济林面积大幅度增长；天然林下降，人工林增加，林种、树种单一。这些变化导致全国森林生态系统结构、功能下降，森林类型比例向不合理化方向发展，抗干扰能力降低，森林生态系统调节能力减弱，病虫害加剧。
3 草地退化
我国有84.4%的草地分布在西部，面积约3.31亿公顷。由于不合理的利用，草原生态系统遭到了严重破坏。草地是西部居民赖以生存的基本自然资源，也是具有重要生态调节与保护功能的关键生态系统。超载放牧和过度开垦致使草地迅速退化，面积不断减少。遥感调查显示，1995-1999年期间，过牧、樵采、开垦、滥挖屡禁不止，鼠害、虫害控制不力，植被遭到严重破坏，大量草地严重退化，有54.86%的草地转为耕地，退化草地和鼠害面积却有明显增加。退化草地上的生产力等级下降，优良牧草种类减少，毒草种类和数量增加，牲畜承载能力严重下降。区域草地生态系统结构、功能受到严重破坏，草地的生态屏障作用日渐降低，成为重要的沙尘源区。
4 湿地萎缩
不合理的土地资源开发造成了大量湿地消失，人工渠道替代天然河流、人工水库替代天然湖泊、围垦造田，造成了我国湿地生态系统的严重萎缩。1949～1998年洞庭湖水面净减38.1%，湖容净减40.6%，调蓄洪水能力减少80×10⁸m³；50年间，三江平原湿地面积从5.36×10⁴km²减少到1.13×10⁴km²，锐减了79%；滨海湿地累计丧失面积约2.19×10⁴km²，占滨海湿地总面积的50%；长江流域通江大湖湖面减少近2/3，湖泊容积减少600～700×10⁸m³，调蓄能力大大降低；云南省1km²以上的高原湖泊已由20世纪50年代的50余个下降到目前的不足30个；黄河源区20世纪80年代初遥感调查有湿地面积38.95×10⁴hm²，10年后减少了6.48×10⁴hm²。另外，由于人为活动和全球气候变化的影响，西部地区湿地面积不同程度地盐渍化、甚至沙化，西北地区湿地退化后旱化、盐碱化现象非常普遍，西南地区一些湖泊如滇池草海、杞麓湖、星云湖和异龙湖、洱海部分区域都存在不同程度的沼泽化。盲目围垦、生物资源和水资源利用不合理以及湿地污染严重等问题，导致湿地面积萎缩，水量减少，导致湿地自然调节能力下降，功能衰退。
5 耕地退化
中国耕地人均占有量小，利用强度大耕地总量不断减少，人地矛盾日益加剧。2000年耕地面积与1991年和1995年相比，减少幅度为1.91%和1.38%。在耕地数量不断减少的同时，人口不断增加，人均耕地迅速降低，人地矛盾日益突出。同时，由于耕地产出多、投入少，用养失衡，导致耕地地力退化严重，我国中低产农田占耕地面积的2/3，因水土流失、贫瘠化、次生盐渍化、污染等引发的退化农田达到总耕地面积的40%以上。由于受工业“三废”、酸雨、污灌及农用化学品等的影响，土壤污染日趋严重，威胁食品安全。